France
11ème Ecole de Bioinformatique AVIESAN-IFB-Inserm
EBAII 2022
Date: 13 - 18 November 2022
Timezone: Brussels
Duration: 40:00
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.
Contact: [email protected]
Keywords: next-generation sequencing, bioinformatics, ChIP-seq, RNA-seq, Variant detection, Single Cell Genomics
Venue: Station Biologique De Roscoff, Place Georges Teissier
City: Roscoff
Region: Finistère
Country: France
Postcode: 29680
Prerequisites:
Aucune connaissance préalable des environnements Linux ou R n’est requise, mais il sera demandé aux participants de suivre une autoformation en ligne en amont, pour faciliter la prise en main de ces langages. La formation approfondira progressivement l’usage de ces environnements au fil des sessions thématiques.
Learning objectives:
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (bulk RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction aux technologies “long reads”.
L’école vise à introduire les concepts, à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.
Organizer: ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/), AVIESAN (http://www.aviesan.fr/en), BiGEst (http://bigest.unistra.fr/), IFB (https://www.france-bioinformatique.fr/), IFB Core (https://www.france-bioinformatique.fr/), MIGALE (https://migale.inrae.fr)
Host institutions: Station Biologique de Roscoff, CNRS, Sorbonne Université, French Institute of Bioinformatics (IFB)
Eligibility:
- Registration of interest
Target audience: Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.
Capacity: 40
Event types:
- Workshops and courses
Cost basis: Cost incurred by all
Sponsors: Aviesan ITMO GGB, INSERM, IFB
Scientific topics: Sequencing, ChIP-seq, RNA-Seq, Genetic variation, Whole genome sequencing, Bioinformatics, Genomics
Operations: Sequence alignment, Read mapping, Read pre-processing, Peak calling, Expression analysis, Genetic variation analysis, Visualisation, Variant calling
External resources:
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